| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,790,428 | 0 | G | T | 11.2% | 858.3 / 57.4 | 256 | intergenic (‑41/‑142) | yqaE/ygaV | cyaR sRNA‑regulated protein/tributyltin‑inducible repressor of ygaVP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/133); new base T (17/12); total (111/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTG > CP009273/2790279‑2790576 | cAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAagag < 1:3181552/150‑1 (MQ=255) aGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGAtttt < 2:1971364/150‑1 (MQ=255) aGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGAtttt > 2:3905115/1‑150 (MQ=255) 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tatTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCgt > 2:1591599/1‑150 (MQ=255) atTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCgta < 1:2053043/150‑1 (MQ=255) atTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCgta < 1:2745777/150‑1 (MQ=255) atTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCgta < 1:540135/150‑1 (MQ=255) ttAATACTGAACGCCCAACCGAACCCTGTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCgtag < 2:2646534/150‑1 (MQ=255) 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ttGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTtaaa < 1:439628/150‑1 (MQ=255) gTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTtaaata > 1:842750/1‑150 (MQ=255) gTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTtaaata < 2:1629888/150‑1 (MQ=255) ttAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTtaaataaa > 2:1009548/1‑150 (MQ=255) tAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTaaataaat < 1:1376322/150‑1 (MQ=255) 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agaTTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTg > 1:1483397/1‑150 (MQ=255) agaTTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTg > 1:3728713/1‑150 (MQ=255) | CAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTG > CP009273/2790279‑2790576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |