| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 235,778 | C→A | 5.2% | pseudogene (186/273 nt) | yafF → | pseudogene, H repeat‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 235,778 | 0 | C | A | 5.2% | 846.6 / 16.9 | 229 | pseudogene (186/273 nt) | yafF | pseudogene, H repeat‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/106); new base A (3/9); total (114/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCGTCTGGACGTGGTAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTAAACTCATCC > CP009273/235629‑235927 | aaCCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCGTCTGGACGTGGTAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:883814/150‑1 (MQ=255) ccACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCGTCTGGACGTGGTAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGATGGTATTCaa < 1:922398/150‑1 (MQ=255) aCTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCGTCTGGACGTGGTAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg < 1:703894/150‑1 (MQ=39) 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tttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACt < 1:3833933/150‑1 (MQ=255) tttGACGAATGAGAAGGTATTAAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACt < 1:1599684/150‑1 (MQ=255) aaTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACcaca < 1:2320689/150‑1 (MQ=255) gaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTa < 1:929604/150‑1 (MQ=255) ggTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTAAAc > 2:384937/1‑150 (MQ=255) 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cAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTAAACTCATcc > 2:4419939/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTAAACTCATcc < 1:2200406/150‑1 (MQ=255) | AACCACTGGCACGTGGAGAATAAGCTGCACAGGCGTCTGGACGTGGTAATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAGTAATACCCCGACTCTCCCCGTCCTTAAACACAACCCCCACTCACCACAACCTAAACTCATCC > CP009273/235629‑235927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |