| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 245,779 | C→A | 5.5% | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 245,779 | 0 | C | A | 5.5% | 1022.0 / 23.7 | 270 | pseudogene (779/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/134); new base A (7/8); total (128/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TCAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTT > CP009273/245630‑245928 | cAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCcgcg > 2:326453/1‑150 (MQ=255) aGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCTCGCCGCGa > 2:2270134/1‑150 (MQ=255) tttATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAAt < 1:2802326/150‑1 (MQ=255) tATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATcc < 1:4085787/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCg < 1:3956703/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCg > 2:3155897/1‑150 (MQ=255) ccgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCt < 2:1103048/150‑1 (MQ=255) cgccgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTg < 1:1498215/150‑1 (MQ=255) cgGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGt < 2:499232/150‑1 (MQ=255) ggAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTg > 1:1062335/1‑150 (MQ=255) gAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGa < 2:3541671/150‑1 (MQ=255) gAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGa < 1:1358213/150‑1 (MQ=255) gAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGa < 2:1270797/150‑1 (MQ=255) 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tATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTc < 1:3535100/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGACTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTcca > 2:13368/1‑150 (MQ=255) ccGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTccacc > 1:419778/1‑150 (MQ=255) gTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAg > 2:78986/1‑150 (MQ=255) tgatgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAgcg < 2:3712107/150‑1 (MQ=255) tgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcca < 2:2017717/150‑1 (MQ=255) tgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcca < 2:4261104/150‑1 (MQ=255) tgaAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGcca < 1:1200853/150‑1 (MQ=255) aaaaTGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGccacc > 1:2636955/1‑150 (MQ=255) aaTGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAg > 2:3063120/1‑150 (MQ=255) 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agcaCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGAcc < 1:376991/150‑1 (MQ=255) gcaCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACct < 1:488923/150‑1 (MQ=255) caCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACctg > 1:322163/1‑150 (MQ=255) caCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACctg > 2:4227244/1‑150 (MQ=255) caCGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGAGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACctg < 1:430412/150‑1 (MQ=255) 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tCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGtt < 1:1244400/150‑1 (MQ=255) gAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCg > 2:4460235/1‑150 (MQ=255) aTCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTg < 1:1397760/150‑1 (MQ=255) cACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGAt < 2:1678411/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATgg < 1:3865910/150‑1 (MQ=255) 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cgcgAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCg < 2:2993719/150‑1 (MQ=255) cgAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGtt < 1:3324118/150‑1 (MQ=255) | TCAGTTTATCCGCCGGAATATCCGCTTCATCAGCCTTTATGCCGTTGATGAAAATGGCGTACTGACTGGGCTTAAGGCGGAAGTTTTCCCGAATGCGGATCTCCGGCAGCAGCACGCCGTTGCCGTCAGAAATCACCTGCCGCACGCCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTT > CP009273/245630‑245928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |