Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,988,554 | G→A | 62.7% | intergenic (‑103/+119) | ygeK ← / ← ygeN | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator/pseudogene |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,988,554 | 0 | G | A | 62.7% | 283.7 / inf | 284 | intergenic (‑103/+119) | ygeK/ygeN | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator/pseudogene |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/41); new base A (94/84); total (159/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CATAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGT‑AAAAAAATACCACAGGCATTAAAAAATCATGAGATGATTAAAATATTACAATTAGATTATATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACA > CP009273/2988407‑2988700 | caTAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGaa > 2:66355/1‑150 (MQ=255) aTAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATaaaa > 1:2613040/1‑150 (MQ=255) aTAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGaaa > 1:860242/1‑150 (MQ=255) aaaCGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAata < 2:3353112/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAAtata < 2:439397/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAAtata < 2:439423/150‑1 (MQ=255) gctgctGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAAtt < 1:477509/150‑1 (MQ=255) gctgctGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAAtt < 1:1285893/150‑1 (MQ=255) gctgctGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAAtt < 2:2389258/150‑1 (MQ=255) ctgctgATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTa > 1:3406557/1‑150 (MQ=255) tgctgATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTaa < 1:4347495/150‑1 (MQ=255) tgATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTaaaaa > 1:1039683/1‑150 (MQ=255) aTCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAaaaata > 2:4106397/1‑150 (MQ=255) cTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATTAAATAATAATGAAATATAATTAaaaataaa > 1:3728560/1‑150 (MQ=255) cTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAaaaataaa > 2:4540754/1‑150 (MQ=255) cTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAaaaataaa > 2:4284282/1‑150 (MQ=255) cTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAaaaataaa > 1:3651445/1‑150 (MQ=255) tGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAaaaataaaa < 2:1914914/150‑1 (MQ=255) 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aCTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAAtttt > 1:189892/1‑150 (MQ=255) cAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCg > 2:1989253/1‑150 (MQ=255) cAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCg > 2:4470915/1‑150 (MQ=255) cAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTACAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCg > 1:109506/1‑150 (MQ=255) aattttaattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGt > 2:545039/1‑150 (MQ=255) aattttaattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGt > 1:2986756/1‑150 (MQ=255) aattttaattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGt > 2:352074/1‑150 (MQ=255) attttaattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGT‑a > 1:1522797/1‑150 (MQ=255) taattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGT‑aaaaa > 2:225301/1‑150 (MQ=255) taattttTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGT‑aaaaa > 1:4233464/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |