| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,016,372 | C→A | 10.5% | F566L (TTC→TTA) | xdhD → | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,016,372 | 0 | C | A | 10.5% | 949.7 / 58.1 | 272 | F566L (TTC→TTA) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/121); new base A (11/18); total (133/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
AACCACTCACTCACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCATTAGCGGAACTGGCTGAACAGTTACAGATCGACCAACTGGAAATTATCGAACGTAACCGGGTACACGAAGGGCAAGAGCTGAAAATTCTCGGTGCAATCGGTGAAGGTAAAGCGCCGACCTCCGTTCCTTCCGC > CP009273/3016223‑3016521 | aaCCACTCACTCACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTc < 2:1505006/150‑1 (MQ=255) cactcactCACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCt < 1:2940510/150‑1 (MQ=255) actcactcACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTa > 2:3197622/1‑150 (MQ=255) actcactcACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTa > 2:4496642/1‑150 (MQ=255) cactcacCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTCCTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCa > 1:1395703/1‑150 (MQ=255) cactcacCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCa < 2:1709150/150‑1 (MQ=255) accgtaccgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATg < 1:2178824/150‑1 (MQ=255) gtaccgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCa < 1:2256597/150‑1 (MQ=255) taccgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCAt < 2:279172/150‑1 (MQ=255) accgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCAtt > 2:1759171/1‑150 (MQ=255) ccgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCATTa < 1:2812388/150‑1 (MQ=255) ccgtGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCATTa > 2:815888/1‑150 (MQ=255) gtgtAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTACCTTAGCTATCACCATGGCATTAGc > 2:3716214/1‑150 (MQ=255) 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ttCGCTATCACCATGGCATTAGCGGAACTGGCTGAACAGTTACAGATCGACCAACTGGAAATTATCGAACGTAACCGGGTACACGAAGGGCAAGAGCTGAAAATTCTCGGTGCAATCGGTGAAGGTAAAGCGCCGACCTCCGttccttcc < 2:2010761/150‑1 (MQ=255) ttCGCTATCACCATGGCATTAGCGGAACTGGCTGAACAGTTACAGATCGACCAACTGGAAATTATCGAACGTAACCGGGTACACGAAGGGCAAGAGCTGAAAAGTCTCGGTGCAATCGGTGAAGGTAAAGCGCCGACCTCCGttccttcc < 2:2010735/150‑1 (MQ=255) | AACCACTCACTCACCGTACCGTGTAACGGACCGGCGCTGTCGCTGCCGTTATATCCGTGCGATAACGTCGATTTCCAGGTCACCACCTACTACAGCAACATTTGCCCAAATGGTGCTTATCAGGGTTATGGCGCACCGAAAGGTAACTTCGCTATCACCATGGCATTAGCGGAACTGGCTGAACAGTTACAGATCGACCAACTGGAAATTATCGAACGTAACCGGGTACACGAAGGGCAAGAGCTGAAAATTCTCGGTGCAATCGGTGAAGGTAAAGCGCCGACCTCCGTTCCTTCCGC > CP009273/3016223‑3016521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |