Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,044,281 | G→A | 7.6% | intergenic (‑255/+193) | gcvT ← / ← ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,044,281 | 0 | G | A | 7.6% | 906.2 / 45.3 | 275 | intergenic (‑255/+193) | gcvT/ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/129); new base A (12/9); total (137/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGAGA > CP009273/3044132‑3044430 | tttGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAg > 2:704336/1‑150 (MQ=255) gCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCa > 1:4289886/1‑150 (MQ=255) tGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAtt > 2:2466278/1‑150 (MQ=255) 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aGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGgag < 1:90511/150‑1 (MQ=255) gTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGgaga < 1:2644791/150‑1 (MQ=255) | TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGAGA > CP009273/3044132‑3044430 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |