| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 253,769 | C→T | 9.2% | V252V (GTC→GTT) | frsA → | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 253,769 | 0 | C | T | 9.2% | 806.4 / 53.7 | 250 | V252V (GTC→GTT) | frsA | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/116); new base T (12/11); total (123/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATA > CP009273/253620‑253917 | cTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTc < 1:2275745/150‑1 (MQ=255) ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 1:448867/150‑1 (MQ=255) ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 1:447358/150‑1 (MQ=255) gatgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTa < 1:883048/150‑1 (MQ=255) atgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaa > 2:2187959/1‑150 (MQ=255) tgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaaa < 2:3779355/150‑1 (MQ=255) gcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAg < 1:3969920/150‑1 (MQ=255) gcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAg < 2:801598/150‑1 (MQ=255) 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cGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCa < 1:1782482/150‑1 (MQ=255) tCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATa > 2:1594289/1‑150 (MQ=255) | CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATA > CP009273/253620‑253917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |