Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,311,950 | C→A | 8.2% | intergenic (‑302/‑46) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,311,950 | 0 | C | A | 8.2% | 1030.6 / 43.2 | 280 | intergenic (‑302/‑46) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/126); new base A (13/10); total (144/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGG > CP009273/3311801‑3312099 | cAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGc > 1:3778446/1‑150 (MQ=255) aGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCg < 1:355761/150‑1 (MQ=255) aGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCg < 1:3367421/150‑1 (MQ=255) ttCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGa > 1:956084/1‑150 (MQ=255) cACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGaaa > 1:1680780/1‑150 (MQ=255) aCTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAAt > 1:1373016/1‑150 (MQ=255) ttCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTCAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCa < 1:1489373/150‑1 (MQ=255) ttCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCa < 2:3425606/150‑1 (MQ=255) ttCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCa > 2:422108/1‑150 (MQ=255) tCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAg < 1:2052611/150‑1 (MQ=255) cATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAgg > 2:4256238/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGc < 1:3184209/150‑1 (MQ=255) gttgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcat < 1:634152/150‑1 (MQ=255) ttgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatc < 1:471874/150‑1 (MQ=255) tgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatca < 2:868970/150‑1 (MQ=255) gAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatcat > 2:1675022/1‑150 (MQ=255) aaTACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGAGGAAATCCAGGCtcatcatc < 2:376618/150‑1 (MQ=255) ttttGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGtta > 2:1801075/1‑150 (MQ=255) 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gCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGgtgt < 2:1938992/150‑1 (MQ=255) tctcCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTa < 1:4245077/150‑1 (MQ=255) cccTTAAGCGCATTATATTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTAttt < 2:458185/150‑1 (MQ=255) ttAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTAt < 2:2378966/150‑1 (MQ=255) ttAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTAt > 1:3442750/1‑150 (MQ=255) 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ttattTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGAt > 2:1925553/1‑150 (MQ=255) attTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATtc < 2:1259844/150‑1 (MQ=255) ttttACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATtct < 1:4371917/150‑1 (MQ=255) aCAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAg < 2:1705190/150‑1 (MQ=255) aaaaaaCACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCa > 2:913631/1‑150 (MQ=255) 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gagCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACaaaa < 2:2927093/150‑1 (MQ=255) cGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAggg < 2:3800384/150‑1 (MQ=255) | CAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGG > CP009273/3311801‑3312099 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |