Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,411,136 | G→T | 6.0% | A915A (GCG→GCT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,411,136 | 0 | G | T | 6.0% | 899.0 / 22.7 | 241 | A915A (GCG→GCT) | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (126/100); new base T (4/11); total (130/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAT > CP009273/3410989‑3411285 | cTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGac > 2:122079/1‑150 (MQ=255) ttATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTTGTAGCAATTTCCTTTGTTTTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGaca < 1:2684193/150‑1 (MQ=255) cGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACActct < 1:366136/150‑1 (MQ=255) ggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCttt > 1:2508789/1‑150 (MQ=255) ggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATGTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCttt < 2:3444815/150‑1 (MQ=255) gAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTa > 2:311863/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAAt > 1:3366833/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCTCCCGCTCTGTTAGCTATTTCATTTGTGGTTTTTTTCCTGTGACTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCTATTCCTGTGTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTATGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGTCACTCTTTAATc < 2:390814/150‑1 (MQ=255) ggCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaa > 2:2367281/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCTTTAATCaaaaaaa > 2:3809192/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaaaaa > 1:1872931/1‑150 (MQ=255) cGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGa > 1:2245287/1‑150 (MQ=255) cGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGa < 2:2942300/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |