| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,551 | C→A | 10.8% | P290T (CCT→ACT) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,551 | 0 | C | A | 10.8% | 1013.4 / 62.9 | 310 | P290T (CCT→ACT) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/162); new base A (21/14); total (134/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCG > CP009273/3415402‑3415700 | tGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTc > 2:882625/1‑150 (MQ=255)tGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTc < 2:4335585/150‑1 (MQ=255) gTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTcc < 1:196369/150‑1 (MQ=255) tcagtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTgg < 1:1428301/150‑1 (MQ=255) cagtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg > 2:1034840/1‑150 (MQ=255) gtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCt < 1:3995009/150‑1 (MQ=255) tcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTg < 2:3849643/150‑1 (MQ=255) cagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTgg > 2:1944262/1‑150 (MQ=255) cagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTACTGGGCTgg < 2:1264494/150‑1 (MQ=255) tatGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAAt < 2:3510489/150‑1 (MQ=255) tatGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAAt < 1:1164653/150‑1 (MQ=255) tGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATAc > 1:3738941/1‑150 (MQ=255) tGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcat > 1:2924594/1‑150 (MQ=255) tGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcat < 1:4400921/150‑1 (MQ=255) cGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcatca > 2:2385658/1‑150 (MQ=255) ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcatcat < 1:2222573/150‑1 (MQ=255) ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCGGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcatcat < 2:1088184/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATCTGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCatcatc < 2:3450104/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCatcatc < 1:1857945/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTACTGGGCTGGTAAATACCATCATCg > 2:1718368/1‑150 (MQ=255) aGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGc > 2:603906/1‑150 (MQ=255) cGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCAct < 1:2591591/150‑1 (MQ=255) gTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCActc > 1:850868/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCtt < 1:3474698/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCa < 1:1695576/150‑1 (MQ=255) ggATTACAGGCGCTGCCTAAATGGCAATATGAAGCGGCAGTGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGAt < 2:2781038/150‑1 (MQ=255) ggATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGAt < 1:44416/150‑1 (MQ=255) ggATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGAt < 1:4364099/150‑1 (MQ=255) gATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATa > 2:254073/1‑150 (MQ=255) ttACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATAcc < 2:1769037/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGc > 2:163424/1‑150 (MQ=255) gcgcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTg > 2:3751379/1‑150 (MQ=255) gcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGt < 1:1684609/150‑1 (MQ=255) 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aaGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTa < 2:1157755/150‑1 (MQ=255) atatGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGgtt < 1:2451180/150‑1 (MQ=255) tatGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGgttg > 2:2216958/1‑150 (MQ=255) tGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCAGTATCGGgttgtt > 2:3196287/1‑150 (MQ=255) ggCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCt > 2:1911253/1‑150 (MQ=255) 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agagTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTACTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCtttt > 2:3656744/1‑150 (MQ=255) agagTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAAATACTGGGCTGGTAAAAACCATCAACGCACACATAAAAGATAACAGCCTGGTGATCATTATAGGGGTGTTCGATCtttt > 1:2206530/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGt < 1:1046109/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGt < 1:882625/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCATGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGt > 1:3673143/1‑150 (MQ=255) 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tATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTggg < 2:4050393/150‑1 (MQ=255) aTTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGt > 2:2882093/1‑150 (MQ=255) aTTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGt > 1:130429/1‑150 (MQ=255) tCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTAt > 1:3399760/1‑150 (MQ=255) cTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATg > 2:3002793/1‑150 (MQ=255) 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ggCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGa < 2:4413876/150‑1 (MQ=255) cGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAg < 1:1657998/150‑1 (MQ=255) tGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGt < 1:1664110/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTa > 1:1023660/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTAt > 2:4302450/1‑150 (MQ=255) 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tCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTcgccgc > 2:373743/1‑150 (MQ=255) tCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTcgccgc < 1:3229962/150‑1 (MQ=255) | TGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCG > CP009273/3415402‑3415700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |