| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,416,276 | C→A | 6.7% | S161* (TCG→TAG) | yhdZ → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,416,276 | 0 | C | A | 6.7% | 1010.3 / 31.4 | 270 | S161* (TCG→TAG) | yhdZ | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/152); new base A (6/12); total (106/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCACCGATTTGGGTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACATGAGATGGGGTTTGCAC > CP009273/3416128‑3416425 | aCCGATTTGGGTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCt < 1:4296708/150‑1 (MQ=255) aCCGATTGGGGTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCt < 2:4298003/150‑1 (MQ=255) gATTTGGGTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCtgtg < 1:1451525/150‑1 (MQ=255) gTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAg > 2:2481224/1‑150 (MQ=255) cGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACCCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCg < 1:1006952/150‑1 (MQ=255) gCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGa < 1:4031683/150‑1 (MQ=255) gCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTAGCTGTGTATGAAGCCGa < 2:3470940/150‑1 (MQ=255) cAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTAGCTGTGTATGAAGCCGaa < 1:1188387/150‑1 (MQ=255) aaGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGaaa > 1:301854/1‑150 (MQ=255) aGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGaaaa < 2:3327056/150‑1 (MQ=255) aGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGaaaa < 2:3326941/150‑1 (MQ=255) aGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGaaaa < 2:1102434/150‑1 (MQ=255) gATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAAt < 2:4493173/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTtgatga < 1:873788/150‑1 (MQ=255) aGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGGTGTTTGATGAGCCAAc < 1:2060397/150‑1 (MQ=255) gATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACg < 2:2667029/150‑1 (MQ=255) gATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACg > 1:4180366/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTAGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGt > 2:1683734/1‑150 (MQ=255) 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tggtCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAAt < 2:502299/150‑1 (MQ=255) gtCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAAtgt > 2:576711/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAAtgtt < 1:112060/150‑1 (MQ=255) tCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAAtgtt < 1:3028628/150‑1 (MQ=255) agcagcAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTCTGACAAtgttgt > 2:3429706/1‑150 (MQ=255) agcaACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTtgtgtg < 2:2273144/150‑1 (MQ=255) caACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTa > 2:2224721/1‑150 (MQ=255) caACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTa < 1:503306/150‑1 (MQ=255) aaCGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTaa < 1:3544117/150‑1 (MQ=255) aaCGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTaa < 2:1303210/150‑1 (MQ=255) aCGCGTTGCCATTGCGCGTTCGATGTGTATGTAGCCGAAAATTATGTTGATTGATGAGCCAACGTCGGCTCTCGATCCTGAGATGGTGAAATAGGTGCTGGATACGATGATTTGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAac < 2:1007422/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAaca < 2:2907281/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAaca < 2:2750568/150‑1 (MQ=255) gTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACAt < 1:19501/150‑1 (MQ=255) tGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACATga > 2:1448073/1‑150 (MQ=255) 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ttCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACATGAGATGGGGTTTGc < 1:2362137/150‑1 (MQ=255) cGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGCGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACATGAGATGGGGTTTGCAc < 2:3715662/150‑1 (MQ=255) | GCACCGATTTGGGTACGCAAGATGCCTAAGAAAGAGGCTGAAGATCTGGCGGTGCATTACCTAGAGCGGGTGAGAATTGCCGAACATGCGCATAAGTTTCCCGGACAGATTTCAGGTGGTCAGCAGCAACGCGTTGCCATTGCGCGTTCGCTGTGTATGAAGCCGAAAATTATGTTGTTTGATGAGCCAACGTCGGCGCTCGATCCTGAGATGGTGAAAGAGGTGCTGGATACGATGATTGGGCTGGCGCAGTCGGGTATGACAATGTTGTGTGTAACACATGAGATGGGGTTTGCAC > CP009273/3416128‑3416425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |