Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 296,308 | G→T | 5.8% | A113E (GCG→GAG) | paoC ← | PaoABC aldehyde oxidoreductase, Moco‑containing subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 296,308 | 0 | G | T | 5.8% | 947.6 / 23.0 | 251 | A113E (GCG→GAG) | paoC | PaoABC aldehyde oxidoreductase, Moco‑containing subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (129/107); new base T (9/6); total (138/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGACGTTTTTGTCGGGCGTGTCTTCCGGCGGCTGATTGACGGCCTGTTTTTCGTCCGCCAGGGAGTAAGCTCCTTTATTACGGCGATAGTGTGCCTGCACCAGCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTGTTCGAAGGTCTCGGCCACTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCAAGGGCGGTG > CP009273/296159‑296457 | gACGTTTTTGTCGGGCGTGTCTTCCGGCGGCTGATTGACGGCCTGTTTTTCGTCCGCCAGGGAGTAAGCTCCTTTATTACGGCGATAGTGTGCCTGCACCAGCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTGTTCGAAGGTCTCGGCCACTACCAgcgc > 1:3577557/1‑150 (MQ=255) tttttGTCGGGCGTGTCTTCCGGCGGCTGATTGACGGCCTGTTTTTCGTCCGCCAGGGAGTAAGCTCCTTTATTACGGCGATAGTGTGCCTGCACCAGCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTGTTCGAAGGTCTCGGCCACTACCAGCGCAATg < 1:2943023/150‑1 (MQ=255) ttttGTCGGGCGTGTCTTCCGGCGGCTGATTGACGGCCTGTTTTTCGTCCGCCAGGGAGTAAGCTCCTTTATTACGGCGATAGTGTGCCTGCACCAGCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTGTTCGAAGGTCTCGGCCACTACCAGCGCAATgg < 2:2714890/150‑1 (MQ=255) 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cGGCCACTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAAGAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCg < 2:780704/150‑1 (MQ=255) ccACTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTAt < 2:1410745/150‑1 (MQ=255) ccACTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTAt < 2:205126/150‑1 (MQ=255) cTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCaa > 2:3773987/1‑150 (MQ=255) cTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCaa > 1:896263/1‑150 (MQ=255) 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gcAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCAAGGGCGGTg > 1:116542/1‑150 (MQ=255) gcAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCAAGGGCGGTg > 1:444818/1‑150 (MQ=255) | CGACGTTTTTGTCGGGCGTGTCTTCCGGCGGCTGATTGACGGCCTGTTTTTCGTCCGCCAGGGAGTAAGCTCCTTTATTACGGCGATAGTGTGCCTGCACCAGCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTGTTCGAAGGTCTCGGCCACTACCAGCGCAATGGCCTGATGATAGTGCTCAATAGTGGGGCCGCCTAACAGCCTGGCGGTGTTTTTGTCGCCTTTGCCGAGTGCCCCGGCGTTACTGGCGGTAATGACAGCCAGTACGCCCGGCGCTTTTTGCGCGGCGTCCGTATCAAGGGCGGTG > CP009273/296159‑296457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |