| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 738,124 | 1 | . | T | 44.7% | 34.3 / inf | 284 | intergenic (‑112/‑159) | dtpD/ybgI | dipeptide and tripeptide permease D/NIF3 family metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (84/73); new base T (56/71); total (140/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TAGTAAATAGCGCGCGGCTGTGATGCGTGTTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGA‑TTGCATAAATATACATTAGCTGAAGCGTGATGATATAAACAATTTGCGTCTTTTGGCGTCGGGTTTGTTTCTTAATATGTCAAAAGATTGGCTATCGACGAACTGGCGAGGTAACGCTATGTTAACGGTGTAGCTATCAGAATACGGAA > CP009273/737975‑738273 | aGTAAATAGCGCGCGGCTGTGATGCGTGTTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGA‑t > 1:1511913/1‑150 (MQ=255) tAAATAGCGCGCGGCTGTGATGCGTGTTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGA‑ttt < 2:3766278/150‑2 (MQ=255) tAAATAGCGCGCGGCTGTGATGCGTGTTTATTCATAATAATTCCACAATGGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTACAGTTAACACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGA‑TTg < 2:1673917/150‑1 (MQ=255) 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tGA‑TTGCATAAATATACATTAGCTGAAGCGTGATGATATAAACAATTTGCGTCTTTTGGCGTCGGGTTTGTTTCTTAATATGTCAAAAGAGTGGCTATCGACGAACTGGCGAGGTAACGCTATGTTAACGGTGTAGCTCTCAGAATACgg > 1:295519/1‑150 (MQ=255) a‑TTGCATAAATATACATTAGCTGAAGCGTGATGATATAAACAATTTGCGTCTTTTGGCGTCGGGTTTGTTTCTTAATATGTCAAAAGATTGGCTATCGACGAACTGGCGAGGTAACGCTATGTTAACGGTGTAGCTATCAGAATACGGaa > 2:2580853/1‑150 (MQ=255) | TAGTAAATAGCGCGCGGCTGTGATGCGTGTTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGA‑TTGCATAAATATACATTAGCTGAAGCGTGATGATATAAACAATTTGCGTCTTTTGGCGTCGGGTTTGTTTCTTAATATGTCAAAAGATTGGCTATCGACGAACTGGCGAGGTAACGCTATGTTAACGGTGTAGCTATCAGAATACGGAA > CP009273/737975‑738273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |