| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,854,737:1 | +T | 6.9% | intergenic (‑144/‑52) | ygbI ← / → ygbJ | DeoR family putative transcriptional regulator/putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,854,737 | 1 | . | T | 6.9% | 1019.5 / 67.5 | 231 | intergenic (‑144/‑52) | ygbI/ygbJ | DeoR family putative transcriptional regulator/putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (100/115); new base T (8/8); total (108/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑TTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTCATATGTCCGCGCAGGTCTTTCTACCTG > CP009273/2854588‑2854886 | tCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑tt < 1:1822546/150‑1 (MQ=255) tCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑tt < 1:413354/150‑1 (MQ=255) cAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑Tta < 2:3267739/150‑1 (MQ=255) cAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑Tta < 2:2376899/150‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAAATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑Ttata < 2:1981315/150‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAAATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑Ttata < 2:2234445/150‑1 (MQ=255) ttttGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑TTATAtt < 1:2327056/150‑1 (MQ=255) tttGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑TTATATTc < 1:1807947/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |