New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009273 | = 3385461 | 243 (1.020) | 6 (0.030) | 5/212 | NT | 3.0% | noncoding (27/308 nt) | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences |
? | CP009273 | 3385736 = | 200 (1.100) | noncoding (302/308 nt) | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GAGGATCGCGAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGC > CP009273/3385313‑3385610 | gAGGATCGCGAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCAACGTTTGTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCa > 2:897787/1‑150 (MQ=255) aTCGCGAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCt > 2:2330710/1‑150 (MQ=255) aTCGCGAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTAACAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTAAGGCTGACGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCt < 2:1235071/150‑1 (MQ=255) gcgAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACg < 1:945644/150‑1 (MQ=255) cgAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCggcctacgg > 1:1192818‑M1/1‑141 (MQ=255) aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGtt < 1:2884125/150‑1 (MQ=255) aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGtt < 2:2243707/150‑1 (MQ=255) aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGtt > 2:2317520/1‑150 (MQ=255) aGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGt > 1:3760933/1‑150 (MQ=255) aTGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGCTAAGACTCATCGTTTGTGCTACTCGTTAGTTACTGCCGTAGACGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCTggct < 2:1596016/150‑3 (MQ=38) gTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCATTTGTTCACTTACCAGGTTAAGTCTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGATGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTg > 2:4030091/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGc > 1:1929182/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTg < 2:2866529/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATa < 1:846172/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTGTAGGCCTGATaa > 2:807929/1‑150 (MQ=255) gccgcTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGa > 1:2015302/1‑150 (MQ=255) ccgcTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGAc < 1:3167703/150‑1 (MQ=255) aGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 2:696029/1‑150 (MQ=255) 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cAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 1:3357636/150‑1 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 2:2068180/1‑150 (MQ=255) ggTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 1:3303940/1‑150 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 2:148653/1‑150 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 2:2572674/150‑1 (MQ=255) 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ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2980754/150‑1 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCATATc > 2:174540/1‑150 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACTCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTTTAGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2615126/150‑1 (MQ=21) tagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:2939908/1‑150 (MQ=255) agttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCAACAGCCAACGCCTCACGGATGCGCCGTAAACGCCTTATcca > 1:1003292/1‑149 (MQ=18) 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cgTGACCGCCCTATCCAGCCTACGTTTTTGTCCGGGTTTGTAGGCCTGAAAAGACGCACAGCTTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcac < 1:3566479/150‑1 (MQ=14) cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcac > 1:3072247/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 1:961711/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 2:2102394/1‑150 (MQ=255) tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 1:1227065/1‑150 (MQ=255) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc > 2:308717/1‑150 (MQ=255) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGAAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGTCCTGATAAGACGCACAGc > 1:2781371/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCTATCCgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtc > 1:2199726‑M1/1‑12 (MQ=255) cGCCCTATCCgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtcca < 1:2102391‑M1/150‑141 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 2:342592/1‑150 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:2994373/150‑1 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:12209/150‑1 (MQ=255) cGCCATATCCAGCCTACGTTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:1414419/150‑1 (MQ=255) cGCCATATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTTGGCCTGTTAAGACGCACAGCTTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 2:3482211/150‑1 (MQ=14) cgaTCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCGGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt < 2:3148748/148‑1 (MQ=255) cTATCCgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtccagcgg < 2:3890766‑M1/150‑145 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 2:2155603/1‑150 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt < 2:1085069/150‑1 (MQ=255) tacccAGCCTACGGTTATGTTCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc < 1:1903343/147‑1 (MQ=255) aTCCgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtccagcggac > 2:2691112‑M1/1‑4 (MQ=255) ccgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtccagcggaccc > 1:2932640‑M1/1‑2 (MQ=255) cgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagattggggcaattacgcgccctcgtcaaatcattgcgctttttctttacgcggttggcgcaacacttcgttgatttgcggatcgtccagcggacccg < 2:961711‑M1/150‑150 (MQ=255) | GAGGATCGCGAACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGC > CP009273/3385313‑3385610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |