| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,096,555 | G→T | 7.2% | S53S (TCG→TCT) | fieF → | ferrous iron and zinc transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,096,555 | 0 | G | T | 7.2% | 822.7 / 24.8 | 216 | S53S (TCG→TCT) | fieF | ferrous iron and zinc transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/111); new base T (9/7); total (98/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TCTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCA > CP009273/4096406‑4096704 | tcTTATGGACGGTTGGTCAGTGGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGATATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGAGcgtcg < 1:3200033/150‑1 (MQ=255) cTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGcgtcgt > 2:1034664/1‑150 (MQ=255) cTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGcgtcgt > 2:756775/1‑150 (MQ=255) tATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTg > 2:1048567/1‑150 (MQ=255) tATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTg > 2:507347/1‑150 (MQ=255) tGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGAc < 1:2315368/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAAtt > 2:3747263/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTAt > 2:3570770/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATtggtg > 1:2907113/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATtggtg > 1:3863728/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATtggtg > 1:1763165/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtggtg < 2:2301597/150‑1 (MQ=255) gggCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTATGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTTGAGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGc > 2:1110506/1‑150 (MQ=255) ggcggcGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCg < 1:757439/150‑1 (MQ=255) cggcgATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGat < 1:4161453/150‑1 (MQ=255) ggcgATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGata > 2:1219942/1‑150 (MQ=255) ggcgATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGata > 2:3312406/1‑150 (MQ=255) gATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTc < 1:2435296/150‑1 (MQ=255) tgctgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCt < 1:413080/150‑1 (MQ=255) gctgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTg < 1:3102980/150‑1 (MQ=255) gctgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTg < 1:1012251/150‑1 (MQ=255) tgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCa > 2:3320503/1‑150 (MQ=255) tgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCa > 1:2896562/1‑150 (MQ=255) cGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAAc < 2:1505570/150‑1 (MQ=255) aCGGCGATGGCGTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCt < 1:2908158/150‑1 (MQ=255) gCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGcc < 2:1344279/150‑1 (MQ=255) cGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCcg > 2:1780150/1‑150 (MQ=255) gATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCcga > 1:2503188/1‑150 (MQ=255) gATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCcga > 1:2503166/1‑150 (MQ=255) cTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATa > 1:3177958/1‑150 (MQ=255) cTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATa > 1:1100856/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAAt > 1:464492/1‑150 (MQ=255) cGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATc > 2:565149/1‑150 (MQ=255) cGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATc > 2:3886600/1‑150 (MQ=255) gctATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTc < 1:2402387/150‑1 (MQ=255) tATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGt > 2:193497/1‑150 (MQ=255) aTTGCTGATTAATATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTTCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGtt < 2:3509792/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGtt > 1:3891988/1‑150 (MQ=255) 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ggATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGtt > 1:641635/1‑150 (MQ=255) atatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGtttt > 2:3702707/1‑150 (MQ=255) atatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGtttt > 1:1236611/1‑150 (MQ=255) tatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGttttt < 1:4071181/150‑1 (MQ=255) tatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGttttt < 1:510146/150‑1 (MQ=255) tatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGttttt < 2:1815749/150‑1 (MQ=255) gcgTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGt > 2:2372697/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTa > 2:2479167/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTa > 2:1846932/1‑150 (MQ=255) gtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTCTTCCTGTTTTTGACGGGTAt > 2:3183012/1‑150 (MQ=255) gtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTAt > 2:3090595/1‑150 (MQ=255) gtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCAGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCa < 2:2074174/150‑1 (MQ=255) | TCTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCA > CP009273/4096406‑4096704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |