Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,154,083 | G→T | 10.2% | D173Y (GAT→TAT) | btuB → | vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,154,083 | 0 | G | T | 10.2% | 993.8 / 56.9 | 270 | D173Y (GAT→TAT) | btuB | vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/112); new base T (12/16); total (142/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACG > CP009273/4153936‑4154229 | gTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACtattat < 2:262099/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTatgat < 2:3895724/150‑1 (MQ=255) cAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGtc > 2:2252568/1‑150 (MQ=255) gCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGtctc < 1:1708291/150‑1 (MQ=255) cGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATTATGTctct < 2:2370108/150‑1 (MQ=255) cGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTctct < 1:540921/150‑1 (MQ=255) tgtTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTAc < 1:2042908/150‑1 (MQ=255) tgtTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTAc < 1:3287330/150‑1 (MQ=255) gAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGACGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACgcag > 2:3559251/1‑150 (MQ=255) gAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACgcag > 1:1064251/1‑150 (MQ=255) gAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACgcag < 2:1257820/150‑1 (MQ=255) aaTATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACgcagc > 1:2393429/1‑150 (MQ=255) atatatCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCAAGACGCGCGATGAACCAGGAACGGAAATTACAGGAGGGTTGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTTCgcagca < 2:1795928/150‑1 (MQ=255) 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tatCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGcaaca > 1:451826/1‑150 (MQ=255) ccGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACt < 1:1946050/150‑1 (MQ=255) cGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTg > 1:3705776/1‑150 (MQ=255) cGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTg > 1:322493/1‑150 (MQ=255) cGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTg > 2:754730/1‑150 (MQ=255) gTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTgg > 1:92101/1‑150 (MQ=255) gTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTgg < 2:1381589/150‑1 (MQ=255) ggCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTggggg > 1:2568792/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGa < 1:1878549/150‑1 (MQ=255) cgcTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAg > 1:3651628/1‑150 (MQ=255) gcTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGa > 1:3306845/1‑150 (MQ=255) cTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGac > 1:3419388/1‑150 (MQ=255) tCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGaca > 1:2885697/1‑150 (MQ=255) tCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGaca > 1:2628074/1‑150 (MQ=255) tCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGaca > 2:2305395/1‑150 (MQ=255) 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gacgCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGAtgttgt > 1:3479914/1‑150 (MQ=255) acgCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATgttgtt < 2:1346150/150‑1 (MQ=255) cgATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTa < 1:1115952/150‑1 (MQ=255) aTGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATg < 2:806775/150‑1 (MQ=255) tGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATgg > 1:3531200/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |