Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,173,546 | G→T | 8.1% | G792C (GGT→TGT) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,173,546 | 0 | G | T | 8.1% | 1113.8 / 45.3 | 292 | G792C (GGT→TGT) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/125); new base T (13/11); total (156/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
ATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGT > CP009273/4173397‑4173695 | ccGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGt < 2:792627/150‑1 (MQ=255) gggTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGa < 1:2159483/150‑1 (MQ=255) gggTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGa < 2:3775116/150‑1 (MQ=255) 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aaaTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTc < 2:2155700/150‑1 (MQ=255) aaaTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTc > 1:1606218/1‑150 (MQ=255) aTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCAt > 2:2653120/1‑150 (MQ=255) ccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGTGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTg > 1:3255264/1‑150 (MQ=255) cGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTgg < 1:655603/150‑1 (MQ=255) 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cTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTcc > 2:2554004/1‑150 (MQ=255) ggTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGt > 2:3263644/1‑150 (MQ=255) | ATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGT > CP009273/4173397‑4173695 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |