Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,211,576 | G→T | 100% | S280R (AGC→AGA) | arpA ← | ankyrin repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,211,576 | 0 | G | T | 99.6% | 889.9 / ‑4.1 | 247 | S280R (AGC→AGA) | arpA | ankyrin repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (124/122); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGCCGGACCGTCAAAGCATGGTTATCCACCAGTAATATGGCTGCCATAACACTGAT > CP009273/4211429‑4211722 | ttttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTctct > 2:3511399/1‑150 (MQ=255) tttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTtctctc < 1:2923739/150‑1 (MQ=255) tAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCAt > 1:2589471/1‑150 (MQ=255) tCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTc > 2:1451910/1‑150 (MQ=255) cAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCt < 1:3974408/150‑1 (MQ=255) aaTAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCtt > 2:3687252/1‑150 (MQ=255) aaTAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCtt < 2:1367370/150‑1 (MQ=255) tAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTAt > 2:2655846/1‑150 (MQ=255) 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ttattGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCAt < 2:3344949/150‑1 (MQ=255) ttattGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCAt < 2:40140/150‑1 (MQ=255) attGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATaa < 1:2511693/150‑1 (MQ=255) attGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATaa > 1:2413900/1‑150 (MQ=255) attGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATaa > 1:80387/1‑150 (MQ=255) 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ataATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAg < 2:3074525/150‑1 (MQ=255) taATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGc > 1:2729164/1‑150 (MQ=255) aaTCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGcc < 2:2102979/150‑1 (MQ=255) cATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGNTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGCCGGACNg < 2:794592/150‑1 (MQ=255) aTTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGCCGGACCGt > 1:3430256/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |