Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,241,633 | C→T | 36.3% | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI → | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,241,633 | 0 | C | T | 36.3% | 286.7 / 276.9 | 245 | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/68); new base T (35/54); total (123/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CATTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACAAT > CP009273/4241484‑4241782 | aTTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACg < 2:1342093/150‑1 (MQ=255) aTTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACg > 1:3771637/1‑150 (MQ=255) ttGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGc > 2:2883095/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |