| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,271,906 | C→T | 38.0% | E366E (GAG→GAA) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,271,906 | 0 | C | T | 38.0% | 246.7 / 257.7 | 229 | E366E (GAG→GAA) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/87); new base T (39/47); total (93/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCATGAAGATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAAC > CP009273/4271757‑4272053 | gCATGAAGATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGcc < 1:174580/150‑1 (MQ=255) aTGAAGATTATCCTCAGTTTGTGACGTGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTc > 2:3144825/1‑150 (MQ=255) gAAGATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCAt > 1:1041424/1‑150 (MQ=255) aGATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCGTCATCg < 1:1425463/150‑1 (MQ=255) gATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGa > 2:3990818/1‑150 (MQ=255) aTTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGaa > 2:3960638/1‑150 (MQ=255) aTCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAAtt < 1:3169037/150‑1 (MQ=255) aTCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAAtt < 1:1251191/150‑1 (MQ=255) aTCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAAtt < 1:2751479/150‑1 (MQ=255) cacAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTAAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCAATATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACACATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAATTTAac < 2:297268/148‑1 (MQ=255) tttGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGAt < 1:47025/150‑1 (MQ=255) tgtgACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATag < 1:742209/150‑1 (MQ=255) tgtgACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATag > 2:2052506/1‑150 (MQ=255) gtgACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATaga < 1:3407761/150‑1 (MQ=255) gtgACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATaga < 1:3546605/150‑1 (MQ=255) aTGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACgg > 2:1664499/1‑150 (MQ=255) cAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGatat > 1:2921328/1‑150 (MQ=255) cAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGatat > 2:4130941/1‑150 (MQ=255) cAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGatat < 2:3914080/150‑1 (MQ=255) aTGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTaaa > 1:3567984/1‑150 (MQ=255) ggCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCa > 1:2218564/1‑150 (MQ=255) gCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGCTATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAg < 1:279438/150‑1 (MQ=255) gCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAg < 2:3690300/150‑1 (MQ=255) gCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATAAATGGAGATCTTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAg > 2:433714/1‑150 (MQ=255) cacaATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAgg > 1:2570114/1‑150 (MQ=255) acaATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGc > 2:1842760/1‑150 (MQ=255) acaATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGc > 1:1081503/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCtt > 1:2905187/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCtt > 2:2614756/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCtt < 1:628789/150‑1 (MQ=255) cttcAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTa < 2:3283118/150‑1 (MQ=255) aaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaaca < 2:3071397/150‑1 (MQ=255) aGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTGTTGTTAAaacag > 2:3949416/1‑150 (MQ=255) aGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaaaag < 1:3304970/150‑1 (MQ=255) aaTTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaa > 2:2019979/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaac > 2:3425946/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaac > 1:2777445/1‑150 (MQ=255) tttCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaaca > 2:379315/1‑150 (MQ=255) tgtTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATg > 2:1037688/1‑150 (MQ=255) tgtTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATg < 1:1966257/150‑1 (MQ=255) aCCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCaa > 2:3859694/1‑150 (MQ=255) ccAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAAt > 1:1603227/1‑150 (MQ=255) ccAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAAt > 2:2169997/1‑150 (MQ=255) atgATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg < 2:2414284/148‑1 (MQ=255) aGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg > 2:910182/1‑150 (MQ=255) ggATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGc > 1:1954748/1‑150 (MQ=255) ggATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGc < 1:2547670/150‑1 (MQ=255) atatCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCtt < 2:1202942/150‑1 (MQ=255) atatCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCtt > 1:2517116/1‑150 (MQ=255) tatCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTa < 1:3964349/150‑1 (MQ=255) atCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTaa < 1:3839040/150‑1 (MQ=255) atCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTaa < 2:1435234/150‑1 (MQ=255) tCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTaaa < 1:871613/150‑1 (MQ=255) cACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAAt < 2:2380857/150‑1 (MQ=255) cACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAAt < 1:463083/150‑1 (MQ=255) cTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTg < 2:1752205/150‑1 (MQ=255) aTTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGc < 1:1664499/150‑1 (MQ=255) tAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCat > 2:1436826/1‑150 (MQ=255) aaTGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCatt > 1:130447/1‑150 (MQ=255) aTGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCatta < 1:3520398/150‑1 (MQ=255) tGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCattat < 1:4162952/150‑1 (MQ=255) ggAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCattatt < 2:4028715/150‑1 (MQ=255) ggAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCattatt > 1:1049491/1‑150 (MQ=255) gagaTATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCAttatta > 2:1269321/1‑150 (MQ=255) agaTATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTaa > 2:702485/1‑150 (MQ=255) atatTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTaaaa < 1:896895/150‑1 (MQ=255) tCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACa > 1:2286272/1‑150 (MQ=255) ccTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACAt < 1:4062248/150‑1 (MQ=255) ccTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACAt > 1:148868/1‑150 (MQ=255) tCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTa > 2:1651150/1‑150 (MQ=255) caccacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTATCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAg < 1:2970753/150‑1 (MQ=255) caccacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAg < 1:2970860/150‑1 (MQ=255) accacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGc < 2:415199/150‑1 (MQ=255) ccacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAATATTAACATTAGcc > 1:926591/1‑150 (MQ=255) cacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCa < 2:259764/150‑1 (MQ=255) acGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCat < 2:4070773/150‑1 (MQ=255) gaATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTag < 1:1002044/150‑1 (MQ=255) aaTGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTaga < 2:280860/150‑1 (MQ=255) aaTGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTaga > 2:1571760/1‑150 (MQ=255) aaTGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTaga < 2:1967763/150‑1 (MQ=255) aaTGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTaga > 1:4018686/1‑150 (MQ=255) aTGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTagag < 2:2244689/150‑1 (MQ=255) tAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCgg < 1:3477516/150‑1 (MQ=255) aTACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTa > 1:1869425/1‑150 (MQ=255) aTACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTa < 1:1821392/150‑1 (MQ=255) cccATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACat < 2:3153052/150‑1 (MQ=255) cccATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACat < 2:3155643/150‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACata < 2:3618998/150‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACata > 1:2571768/1‑150 (MQ=255) aTTCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACAtata < 1:3625194/150‑1 (MQ=255) aTTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACAtata > 1:1533352/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAAc > 1:1356839/1‑150 (MQ=255) cccTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAAcc < 1:940470/150‑1 (MQ=255) ccTGGACGCTAGCTTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCa < 1:3960530/150‑1 (MQ=255) ggACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCAttt < 2:1293962/150‑1 (MQ=255) gACGCTAGCGTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTc < 2:1373690/150‑1 (MQ=255) gACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTc < 2:751596/150‑1 (MQ=255) aGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGaa > 2:3474153/1‑150 (MQ=255) aGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGaa > 1:3127231/1‑150 (MQ=255) gCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAAc < 1:584618/150‑1 (MQ=255) | GCATGAAGATTATCCTCAGTTTGTGACATGCCAGTATGAGTGGCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAAC > CP009273/4271757‑4272053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |