Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,316,794 | G→A | 5.7% | intergenic (‑243/‑158) | yjdM ← / → crfC | zinc‑ribbon family protein/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein, dynamin‑related |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,316,794 | 0 | G | A | 5.7% | 967.6 / 28.8 | 265 | intergenic (‑243/‑158) | yjdM/crfC | zinc‑ribbon family protein/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein, dynamin‑related |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/126); new base A (7/8); total (131/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAATTATTTCTTGCAGTAATTATAAAAGCCGAAAACAGAACTCAAAAACAATCTGGCTAAATAAAATAACAAAATTTGCTTTAAGGAA > CP009273/4316645‑4316942 | gggggTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTTATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGa > 1:2506265/1‑150 (MQ=255) ggggTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGAc < 2:296686/150‑1 (MQ=255) gTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGTAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGtt < 2:1569927/150‑1 (MQ=255) 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ctgATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAAc > 2:1583434/1‑150 (MQ=255) tgATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTATGACGTTTTAAACg > 2:1236955/1‑150 (MQ=255) ttttAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTAt > 1:3886178/1‑150 (MQ=255) ttttAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTAt < 1:2631680/150‑1 (MQ=255) tAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCag < 2:3806129/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |