| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,317,974 | G→T | 37.8% | A341A (GCG→GCT) | crfC → | clamp‑binding sister replication fork colocalization protein, dynamin‑related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,317,974 | 0 | G | T | 37.8% | 375.9 / 292.0 | 272 | A341A (GCG→GCT) | crfC | clamp‑binding sister replication fork colocalization protein, dynamin‑related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/58); new base T (55/48); total (166/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CTGTACGTGCTGGTCAATAAGTTCGATCAACAGGATCGTAACAGTGACGACGCCGACCAGGTGCGGGCACTGATTTCCGGGACGCTGATGAAAGGCTGTATTACGCCACAGCAGATATTTCCGGTGTCGTCGATGTGGGGCTACCTGGCGAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGAACATATTCGTCATGCTGCCGA > CP009273/4317825‑4318123 | tGTACGTGCTGGTCAATAAGTTCGATCAACAGGATCGTAACAGTGACGACGCCGACCAGGTGCGGGCACTGATTTCCGGGACGCTGATGAAAGGCTGTATTACGCCACAGCAGATATTTCCGGTGTCGTCGATGTGGGGCTACCTGGCGa > 1:1713823/1‑150 (MQ=255) gTACGTGCTGGTCAATAAGTTCGATCAACAGGATCGTAACAGTGACGACGCCGACCAGGTGCGGGCACTGATTTCCGGGACGCTGATGAAAGGCTGTATTACGCCACAGCAGATATTTCCGGTGTCGTCGATGTGGGGCTACCTGGCGaa < 1:2253702/150‑1 (MQ=255) gTACGTGCTGGTCAATAAGTTCGATCAACAGGATCGTAACAGTGACGACGCCGACCAGGTGCGGGCACTGATTTCCGGGACGCTGATGAAAGGCTGTATTACGCCACAGCAGATATTTCCGGTGTCGTCGATGTGGGGCTACCTGGCGaa > 2:4065204/1‑150 (MQ=255) 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gtcgATGTGGGGCTACCTGGCGAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGa > 2:2201184/1‑150 (MQ=255) aTGTGGGGCTACCTGGCGAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGAACat > 1:127110/1‑150 (MQ=255) tgtgGGGCTACCTGGCGAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGAACata < 1:3667932/150‑1 (MQ=255) gtgGGGCTACCTGGCTAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGAACatat < 2:342749/150‑1 (MQ=255) cTACCTGGCGAATCGGGCGCGCTATGAGTTAGCCAACAACGGTAAGTTACCACCGCCAGAGCAACAACGCTGGGTGGAAGATTTTGCCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGATCTGGCGGACCTCGAACATATTCGTCa > 1:2693070/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |