| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,470,017 | G→A | 100% | M157I (ATG→ATA) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,470,017 | 0 | G | A | 99.1% | 779.7 / ‑2.2 | 218 | M157I (ATG→ATA) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (90/126); total (91/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTTCT > CP009273/4469870‑4470163 | gTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATaggg < 2:491762/150‑1 (MQ=255) ttttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGa < 1:1828147/150‑1 (MQ=255) ttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACt > 2:1388997/1‑150 (MQ=255) gCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGt < 1:941902/150‑1 (MQ=255) tataTTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGtttt > 2:3903579/1‑150 (MQ=255) atTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCtt > 1:1249294/1‑150 (MQ=255) atTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCtt < 2:3665238/150‑1 (MQ=255) tttATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCttt < 1:811055/150‑1 (MQ=255) tATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAt < 1:1227609/150‑1 (MQ=255) tATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAt > 2:3301273/1‑150 (MQ=255) tATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAt < 1:1756447/150‑1 (MQ=255) aTGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAtc < 2:2421657/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTAtct < 2:1746777/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGACTTCGTCATCAGTCCTTTATGACCAGTCTCATCGGCGTAAGATTTTTTTTTTATTGCTATATGAAAGGGTTCTTGTGGGTGACCTTTTTCTTGCAGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTAGACaa < 1:3368836/149‑1 (MQ=255) aaGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGa < 1:1773778/150‑1 (MQ=255) aGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGAt < 1:2976948/150‑1 (MQ=255) ggACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATg < 1:1356969/150‑1 (MQ=255) tGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTAc > 1:974227/1‑150 (MQ=255) 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tcaGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCaa > 2:2555163/1‑150 (MQ=255) caGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAAt > 1:4128631/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATa < 2:3191950/150‑1 (MQ=255) aGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATa > 2:2145372/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATa < 1:2053430/150‑1 (MQ=255) tGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAagta < 1:2932988/150‑1 (MQ=255) aCCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAagtagt < 2:3111763/150‑1 (MQ=255) ccAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGTCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAgtg > 1:2582192/1‑150 (MQ=255) cAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAgtgt > 1:3404505/1‑150 (MQ=255) aGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGtt > 1:118852/1‑150 (MQ=255) 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tGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGtt > 1:4067782/1‑150 (MQ=255) aTGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTAtt < 1:1644722/150‑1 (MQ=255) aTGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTAtt < 2:3878000/150‑1 (MQ=255) gAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGt < 2:2967020/150‑1 (MQ=255) gAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGt < 2:786675/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |