| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,481,249 | A→T | 33.4% | V365E (GTG→GAG) | idnT ← | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,481,249 | 0 | A | T | 33.4% | 309.6 / 220.8 | 218 | V365E (GTG→GAG) | idnT | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/68); new base T (42/31); total (119/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CGCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAACACCACACCCGCGGTGGTAATGGCCGCGACGGTGGCAGAGCCCAGAGCGATACGCAACAGCGCCGCAACAGTCCAGCACATCAATAACGGCGAAAGTGTAGTTCCGGTCATTAAGTGTGAAATATAGTGCCCGACACCGCTATCTACTAA > CP009273/4481102‑4481397 | cGCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAacacc < 2:3134386/150‑1 (MQ=255) gCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGTCGCGATCACGCTGCCCGCCCCGGTTGCCAGTACCAATAAAGCGGGATCGGCCTGGGTAACGTTGATAATAGGCAactcca > 1:1091755/1‑150 (MQ=255) cAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAactccac > 2:196020/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |