| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,487,680 | G→T | 7.9% | pseudogene (1189/1266 nt) | intB → | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,487,680 | 0 | G | T | 7.9% | 1138.9 / 44.4 | 297 | pseudogene (1189/1266 nt) | intB | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/162); new base T (8/16); total (119/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACT > CP009273/4487531‑4487829 | ccTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCg < 2:937641/150‑1 (MQ=255) cTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGa > 1:1926764/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAt > 2:3496968/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAt < 1:771416/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAt > 2:2039100/1‑150 (MQ=255) tAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAttt < 1:2866222/150‑1 (MQ=255) tAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAttt > 1:830943/1‑150 (MQ=255) aGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAtttt < 1:1028313/150‑1 (MQ=255) aGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGAtttt > 1:2000950/1‑150 (MQ=255) gTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTc < 1:4072281/150‑1 (MQ=255) ttCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCt < 2:2313429/150‑1 (MQ=255) tCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTg < 2:678243/150‑1 (MQ=255) aTTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGa > 1:2173746/1‑150 (MQ=255) tCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTaa < 2:1759350/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACa > 2:2472570/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACag < 1:3522008/150‑1 (MQ=255) tgtgGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTGAACAGAGAAAGGt > 2:1725332/1‑150 (MQ=255) ggTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTa < 2:3264226/150‑1 (MQ=255) gTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTAt < 2:1852467/150‑1 (MQ=255) ctcGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCa > 2:1809699/1‑150 (MQ=255) ctcGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCa < 1:503195/150‑1 (MQ=255) tcGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAg < 2:413866/150‑1 (MQ=255) tcGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAg > 1:713134/1‑150 (MQ=255) gTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTc > 1:1866282/1‑150 (MQ=255) gATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCa > 1:584221/1‑150 (MQ=255) gATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCa < 2:1823075/150‑1 (MQ=255) aTGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCAt > 2:1999478/1‑150 (MQ=255) aTGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCAt > 2:3121966/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCAtt > 1:1445308/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCAttt < 1:4103179/150‑1 (MQ=255) gTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGaa > 2:861698/1‑150 (MQ=255) ttGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAat < 2:798154/150‑1 (MQ=255) gAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAatat < 2:3812236/150‑1 (MQ=255) gAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAAGTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAatat > 1:1656991/1‑150 (MQ=255) aaCGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATg < 1:3865150/150‑1 (MQ=255) aaCGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATg < 1:3865314/150‑1 (MQ=255) cAGTTGAGCCTCTTGGCGCGAATTTCAGTGAGGTCCTCTTATATCCATAAAGCAGAGCTTCTGGAAGATAGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAg < 1:20624/150‑1 (MQ=255) cAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAg < 2:260712/150‑1 (MQ=255) tGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATta > 1:2390785/1‑150 (MQ=255) tGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATta < 1:175529/150‑1 (MQ=255) gAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATtaa < 1:3325527/150‑1 (MQ=255) gCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATtaata < 2:443760/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCa < 2:281047/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCa < 1:2586699/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGAAATTCCGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCGACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCAt < 2:2021556/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCAt < 2:1222177/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCAt < 2:2443891/150‑1 (MQ=255) cgcgAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTaa < 2:480808/150‑1 (MQ=255) tCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTaa < 1:1619110/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAat < 1:2318766/150‑1 (MQ=255) aGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACCGTGTTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACTGAGAAAGGTTTATAAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCAATTAAAACAGTAatc < 2:2847853/150‑1 (MQ=255) gTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAatca < 2:4078286/150‑1 (MQ=255) aGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATcc > 1:3761787/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATccc < 1:3178711/150‑1 (MQ=255) gggCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATccc > 1:1418265/1‑150 (MQ=255) cgcgTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGc > 1:1466507/1‑150 (MQ=255) gcgTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCa < 2:3681456/150‑1 (MQ=255) cgTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCaa > 2:1570486/1‑150 (MQ=255) atCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGcc > 2:312532/1‑150 (MQ=255) atCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGcc > 2:3002315/1‑150 (MQ=255) tCCTTAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGccc < 1:1358210/150‑1 (MQ=255) tCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGccc > 1:864214/1‑150 (MQ=255) ccATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCg > 1:941699/1‑150 (MQ=255) ccATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCg < 1:3610937/150‑1 (MQ=255) aaaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGaa < 1:1514857/150‑1 (MQ=255) taGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGTTTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAGGCCCGGGAat < 2:161168/149‑1 (MQ=255) aaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAat < 1:2745365/150‑1 (MQ=255) aaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATGTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAat > 2:2178678/1‑150 (MQ=255) aGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAatt < 2:2966358/150‑1 (MQ=255) aGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAatt < 1:1981553/150‑1 (MQ=255) gCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAatta < 1:1594570/150‑1 (MQ=255) agagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAattatt > 2:1021053/1‑150 (MQ=255) agagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAattatt < 1:2453751/150‑1 (MQ=255) agCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCt < 1:2651407/150‑1 (MQ=255) cATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCACATGCCCGGGAATTATTCTAg > 1:2035976/1‑150 (MQ=255) tGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatt > 2:3042788/1‑150 (MQ=255) aagaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGattatt < 2:3884874/150‑1 (MQ=255) agaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTAttt < 1:642171/150‑1 (MQ=255) gaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTAtttt > 2:1195709/1‑150 (MQ=255) gaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTAtttt > 1:180591/1‑150 (MQ=255) gaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTAtttt > 1:2261210/1‑150 (MQ=255) aCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCt < 2:4044422/150‑1 (MQ=255) ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCttt > 2:1778336/1‑150 (MQ=255) ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCTATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCttt < 2:3745829/150‑1 (MQ=255) ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCttt > 1:3399055/1‑150 (MQ=255) ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCttt < 2:3280071/150‑1 (MQ=255) ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCttt > 1:2736241/1‑150 (MQ=255) gATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGtt < 2:2219498/150‑1 (MQ=255) aTTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTATTTGTTa > 1:878476/1‑150 (MQ=255) tGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTGTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaa < 2:734462/150‑1 (MQ=255) gATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaac < 1:1202622/150‑2 (MQ=255) gATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAGGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaaa < 2:1457414/150‑1 (MQ=255) cTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGa < 1:3069475/150‑1 (MQ=255) tACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGAc > 2:2558997/1‑150 (MQ=255) cAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACaa < 1:928878/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACaaa < 1:4157906/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACaaa < 1:4035200/150‑1 (MQ=255) tggtggGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACg > 2:2391681/1‑150 (MQ=255) gggCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTAt > 1:1836884/1‑150 (MQ=255) cGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAAGTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAAc > 2:1895100/1‑150 (MQ=255) | CCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACT > CP009273/4487531‑4487829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |