| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,523,001 | T→A | 57.2% | intergenic (‑1/+55) | yjhP ← / ← yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,523,001 | 0 | T | A | 57.2% | 139.3 / inf | 243 | intergenic (‑1/+55) | yjhP/yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/71); new base A (68/71); total (101/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.51e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TCTCGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGATGTGGCCGGTCAGGGTCATGGGCTGAGCGGTGAGTGATTGCATCATCCAGCAGG > CP009273/4522853‑4523150 | ctcGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCataat > 1:2190270/1‑150 (MQ=255) tcGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCattatt > 1:1137277/1‑150 (MQ=255) gCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTa < 2:1377051/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |