| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,535,507 | C→A | 38.9% | R199R (CGG→AGG) | fimD → | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,535,507 | 0 | C | A | 38.9% | 352.8 / 303.6 | 275 | R199R (CGG→AGG) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/91); new base A (42/65); total (119/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACC > CP009273/4535360‑4535656 | gtaggTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCACAGGCATTTATGAGTAATAGAGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCAGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGAtt > 1:205692/4‑150 (MQ=255) tGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTCATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATAGGATTgg > 1:2573430/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTgg < 2:2123489/150‑1 (MQ=255) 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aaCCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATAGGATTGGGGGTAACAGCCATTAt > 2:1296184/1‑150 (MQ=255) aCCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATg < 1:2516699/150‑1 (MQ=255) aCCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATAGGATTGGGGGTAACAGCCATTATg < 1:3848640/150‑1 (MQ=255) aCCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATAGGATTGGGGGTAACAGCCATTATg < 1:3474882/150‑1 (MQ=255) gATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATAttt > 1:3555540/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |