| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,552,902 | A→T | 33.2% | N173K (AAT→AAA) | yjiK ← | SdiA‑regulated family putative membrane‑anchored protein; putative phytase‑like esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,552,902 | 0 | A | T | 33.2% | 382.2 / 275.7 | 267 | N173K (AAT→AAA) | yjiK | SdiA‑regulated family putative membrane‑anchored protein; putative phytase‑like esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/88); new base T (34/55); total (124/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GAGACAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAGTGTGATCCTGGCGAGAATAAGCCAACCCTTCAAAACCGCAATTGGTTGGGGAGTCTTGCAGCGGGATTTTTATTTTTTTGAGGATTTTTACTTCCGAGTTTGGGGTCAGTGAAATCACATAAAT > CP009273/4552754‑4553051 | gagaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGAt > 1:57801/1‑150 (MQ=255) agaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGttt < 1:2731600/150‑1 (MQ=255) agaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGttt < 1:2024726/150‑1 (MQ=255) gaCAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGtttt > 2:2953827/1‑150 (MQ=255) cAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGAttttt > 1:4065326/1‑150 (MQ=255) gCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTtct < 2:734107/150‑1 (MQ=255) ccAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCtt < 1:763677/150‑1 (MQ=255) aGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTGCTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTa < 2:655825/150‑1 (MQ=255) aGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTa < 2:1425457/150‑1 (MQ=255) gAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTaa > 2:2082075/1‑150 (MQ=255) gAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTaa < 1:1262807/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTaaa < 1:848174/150‑1 (MQ=255) aGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTaaaa < 1:1530165/150‑1 (MQ=255) cGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTaaaaaa > 1:142504/1‑150 (MQ=255) gTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTAAAAAAc > 1:3184233/1‑150 (MQ=255) gTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTAAAAAAc > 1:1093580/1‑150 (MQ=255) tATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAAcc > 2:3924913/1‑150 (MQ=255) ttttttGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTAAAAAACCAGa < 2:1682046/150‑1 (MQ=255) ttttttGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTAAAAAACCAGa < 2:1682016/150‑1 (MQ=255) tttGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAg < 2:3192239/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGTTTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAgt < 2:2273022/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAgt > 1:295724/1‑150 (MQ=255) tGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAgtg > 1:977312/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAGTGTGATCCTGGCGAGAATAAGCCAACCCTTCAAAACCGCAATTGGTTGGGGAGTCTTGCAGCGGGATTTTTATTTTTTTGAGGATTTTTACTTCCGAGTTTGGGGTCAGTGAAATCACATAAAt < 1:1930433/150‑1 (MQ=255) aTTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAGTGTGATCCTGGCGAGAATAAGCCAACCCTTCAAAACCGCAATTGGTTGGGGAGTCTTGCAGCGGGATTTTTATTTTTTTGAGGATTTTTACTTCCGAGTTTGGGGTCAGTGAAATCACATAAAt < 1:2395423/150‑1 (MQ=255) | GAGACAGCACCAGAAGCGTATTTTTTTGCTGGTTAAATTCTGCGCCGGACACATCATCTAAAGTAAATTGCCGTTGTAGTGCCTCGTCTTTGCTGATGTGTAATTCATTGCTACTTAACAGCCCGTTAACTTTGTAGACCTCAATCGGATTTTTCTCTTTAAAAAACCAGAAAGTGTGATCCTGGCGAGAATAAGCCAACCCTTCAAAACCGCAATTGGTTGGGGAGTCTTGCAGCGGGATTTTTATTTTTTTGAGGATTTTTACTTCCGAGTTTGGGGTCAGTGAAATCACATAAAT > CP009273/4552754‑4553051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |