| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,584,756 | A→T | 56.2% | *305K (TAA→AAA) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,584,756 | 0 | A | T | 56.2% | 119.5 / inf | 237 | *305K (TAA→AAA) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/53); new base T (76/57); total (127/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAATGATA > CP009273/4584608‑4584904 | gCAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTaa < 1:3290043/150‑1 (MQ=255) cAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTAt > 1:1692514/1‑150 (MQ=255) cAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAt < 1:132017/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |