| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 564,074 | A→C | 14.0% | N102H (AAT→CAT) | emrE → | DLP12 prophage; multidrug resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 564,074 | 0 | A | C | 14.0% | 584.7 / 87.8 | 233 | N102H (AAT→CAT) | emrE | DLP12 prophage; multidrug resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/118); new base C (16/17); total (98/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CTTATATTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGG > CP009273/563925‑564222 | atatTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCAGGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAAtt > 1:1127500/1‑150 (MQ=255) tatTCCTACAGGGATTGCTTATGCTATCTGGTCAGGAGTCGGTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAAttt < 1:1572551/150‑1 (MQ=255) ccTACAGGGATTGCTTATGCTATCTTGTCAGGAGTCGTTATTGTCCTGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTg < 2:3021661/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |