| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 630,742 | C→A | 39.8% | E31* (GAA→TAA) | ybdM ← | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 630,742 | 0 | C | A | 39.8% | 323.0 / 289.5 | 256 | E31* (GAA→TAA) | ybdM | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/96); new base A (44/58); total (102/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGT > CP009273/630595‑630888 | ggATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCAtt < 2:789346/150‑1 (MQ=255) gATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTGGTTTGGGGTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAAAGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCAAGCGGATTTCAtga > 1:4068547/1‑148 (MQ=255) aTTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTaa > 1:1895209/1‑150 (MQ=255) 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gCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGAt < 1:685068/150‑1 (MQ=255) tttCATTAATCGCTTTGATGCGTTCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCTTTCCTGTCGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTtgt < 2:3324810/150‑1 (MQ=255) | TGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGT > CP009273/630595‑630888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |