Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 647,422 | G→T | 100% | intergenic (‑110/‑269) | citC ← / → citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 647,422 | 0 | G | T | 98.5% | 662.5 / ‑0.1 | 194 | intergenic (‑110/‑269) | citC/citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base T (80/111); total (83/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GTTTTACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTT > CP009273/647279‑647568 | gTTTTACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTatat > 2:3136725/1‑150 (MQ=255) tttACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCt < 2:3448990/150‑1 (MQ=255) tttACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCt > 1:342957/1‑150 (MQ=255) tACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCttt > 2:3009232/1‑150 (MQ=255) tACGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCttt > 1:3904152/1‑150 (MQ=255) aCGCGGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCtttt < 2:789622/150‑1 (MQ=255) gcgGGTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTtc < 2:1865145/150‑1 (MQ=255) gggTGAAAATATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGTAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTtctc < 1:3859959/150‑1 (MQ=255) 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aaaaTATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTc > 1:2887227/1‑150 (MQ=255) aaaaTATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTCCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTc < 1:140198/150‑1 (MQ=255) aaaTATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCg < 2:2027464/150‑1 (MQ=255) aaaTATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCg < 1:2038152/150‑1 (MQ=255) aaaTATCATTGCCGAACATAATAAATAGTATCCTGAAGGTGCATGTTGTTATCGATTTGCAACGAATGTTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCg < 1:4139461/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |