| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 748,327 | G→A | 6.5% | intergenic (‑76/+314) | ybgD ← / ← gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 748,327 | 0 | G | A | 6.5% | 826.3 / 29.7 | 231 | intergenic (‑76/+314) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/115); new base A (12/3); total (113/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTTTTGCTTAAAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT > CP009273/748178‑748476 | cagcagCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttagt < 1:887328/150‑1 (MQ=255) cagcagCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttagt > 2:236092/1‑150 (MQ=255) agcagcATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATTGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttagtt > 2:2732696/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |