Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 825,641 | G→T | 40.5% | A153A (GCC→GCA) | ybiH ← | DUF1956 domain‑containing tetR family putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 825,641 | 0 | G | T | 40.5% | 292.2 / 297.5 | 252 | A153A (GCC→GCA) | ybiH | DUF1956 domain‑containing tetR family putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/76); new base T (58/44); total (132/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
ATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAGACGGAACGCCAGAATCTCACCAATCAACGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGAGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCT > CP009273/825492‑825790 | ttCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAGACGGAACGCCAGAATCTCACCAATCAACGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAAt > 2:2761916/1‑150 (MQ=255) ttCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAGACGGAACGCCAGAATCTCACCAATCAACGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAAt < 2:3743580/150‑1 (MQ=255) cGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAGACGGAACGCCAGAATCTCACCAATCAACGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCTGCAATCa > 1:3886463/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |