| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 879,590 | G→T | 7.4% | P154P (CCG→CCT) | mdfA → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 879,590 | 0 | G | T | 7.4% | 1177.1 / 41.6 | 306 | P154P (CCG→CCT) | mdfA | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (163/120); new base T (13/10); total (176/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCTACTTGGTCCGCTGGTGGGCGCGGCGTGGATCCATGTGCTGCCCTGGGAGGGGATGTTTGTTTTGTTTGCCGCATTGGCAGCGATCTCCTTTTTCGGTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTC > CP009273/879441‑879739 | aTTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCg > 2:3999735/1‑150 (MQ=255)aTTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCg > 1:3978880/1‑150 (MQ=255) tGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCt < 2:2863315/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |