Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,098,939 | A→T | 17.1% | intergenic (‑287/‑468) | csgD ← / → csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,098,939 | 0 | A | T | 17.1% | 655.1 / 121.0 | 246 | intergenic (‑287/‑468) | csgD/csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (125/79); new base T (19/23); total (144/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTC > CP009273/1098790‑1099088 | gATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGca > 1:1052909/1‑150 (MQ=255) gATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATAGTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGca > 2:3166991/1‑150 (MQ=255) ttACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGcaca > 2:728748/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |