Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,105,607 | G→T | 5.3% | D273Y (GAC→TAC) | opgG → | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,105,607 | 0 | G | T | 5.3% | 1087.1 / 22.6 | 277 | D273Y (GAC→TAC) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/130); new base T (7/7); total (140/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTTCTCCCGCTTT > CP009273/1105458‑1105756 | tGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACg > 1:776213/1‑150 (MQ=255) cGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAAc > 1:3017812/1‑150 (MQ=255) cGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAAc < 2:3759697/150‑1 (MQ=255) 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caaccGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGc > 1:3616980/1‑150 (MQ=255) caaccGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGc > 1:1118988/1‑150 (MQ=255) caaccGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGc > 2:181220/1‑150 (MQ=255) caaccGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGc > 1:1876279/1‑150 (MQ=255) cGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTg > 1:1023934/1‑150 (MQ=255) 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aTAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAgc < 1:1208497/150‑1 (MQ=255) aaCTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAgcgc > 2:1667287/1‑150 (MQ=255) aCTATCGTCCGGCGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGcgcg < 1:1772614/150‑1 (MQ=255) aTCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTc < 1:3885610/150‑1 (MQ=255) tCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGa < 1:339063/150‑1 (MQ=255) 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aGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTtct < 1:3773837/150‑1 (MQ=255) aGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTtct > 1:3361963/1‑150 (MQ=255) | TGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTTCTCCCGCTTT > CP009273/1105458‑1105756 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |