Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,132,098 | G→T | 43.5% | M123I (ATG→ATT) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,132,098 | 0 | G | T | 43.5% | 240.6 / inf | 253 | M123I (ATG→ATT) | flgI | putative flagellar basal body protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/70); new base T (45/65); total (118/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131949‑1132247 | ccGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTtgatg < 1:3552642/150‑1 (MQ=255) gggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACAcc < 1:1006749/150‑1 (MQ=255) gggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACAcc < 1:632865/150‑1 (MQ=255) 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aaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAg < 2:1598111/150‑1 (MQ=255) cGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGGTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGgt > 1:540403/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGgtg > 2:1994204/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg < 2:2592929/150‑1 (MQ=255) cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg < 1:2642589/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |