Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,132,494 | T→A | 40.3% | I255I (ATT→ATA) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,132,494 | 0 | T | A | 40.3% | 182.5 / inf | 246 | I255I (ATT→ATA) | flgI | putative flagellar basal body protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/59); new base A (44/55); total (132/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GCGTGCGTGGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATCGCGAAGTGACCCTCGACAGCTGCGCGGTAGCGCAGGGGAATCTCTCAGTAACAGTTAATCGTCAGGCCAATGTCAGCCAGCCAGATACACCGTTTGGTGGTGGACAGACTGTGGTTAC > CP009273/1132346‑1132643 | gtgcgtgGATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATAAAc < 2:1311618/150‑1 (MQ=255) gATATGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCa < 2:1773369/150‑1 (MQ=255) tatGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCAcc > 2:3390175/1‑150 (MQ=255) tatGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCAcc < 2:3611195/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCgg > 1:1119710/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCATGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGATAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGt > 1:561610/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGt > 2:1630176/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCCACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCGGt < 1:2545094/150‑1 (MQ=255) 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ccACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCACAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCggtgg > 1:2042006/1‑150 (MQ=255) cACCGCGTTAGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCGGTTCggtggt < 1:3890997/150‑1 (MQ=255) aGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATcg < 2:4170100/150‑1 (MQ=255) aGATGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACCGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATAAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATcg > 2:275603/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGGACTATTCAGGTGCGCGTACTGAGTGGCAACAGTTCCCAGGTCCGCTTCCTTGCCGATATTCAGAATATGCAGGTTAATGTCACCCCGCAGGACGCTAAAGTAGTGATTAACTCGCGCACCGGTTCGGTGGTGATGAATcgcg < 1:3410946/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |