| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,151,485 | G→T | 8.4% | V90F (GTT→TTT) | holB → | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,151,485 | 0 | G | T | 8.4% | 888.3 / 35.8 | 234 | V90F (GTT→TTT) | holB | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/91); new base T (10/10); total (133/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TAATCTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACT > CP009273/1151336‑1151634 | tCTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTg < 1:901296/150‑1 (MQ=255) cTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCTTTGa < 2:834086/150‑1 (MQ=255) cTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCTTTGa < 2:1791022/150‑1 (MQ=255) cTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGa > 1:579751/1‑150 (MQ=255) tACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGAt > 2:2341728/1‑150 (MQ=255) gCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCg < 2:3035355/150‑1 (MQ=255) cccTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCgg < 1:3621635/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGt > 2:3815826/1‑150 (MQ=255) tGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTAc > 2:1754596/1‑150 (MQ=255) aGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGt > 2:3394881/1‑150 (MQ=255) gCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTg > 2:1387479/1‑150 (MQ=255) ccGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGa > 1:348729/1‑150 (MQ=255) cGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAg > 2:2070106/1‑150 (MQ=255) 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aCGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacca > 2:1218163/1‑150 (MQ=255) cGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACcag < 1:737397/150‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACcag > 1:1088636/1‑150 (MQ=255) cGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCCTGAAGAGCCACcag < 1:4083514/150‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACcagcag < 1:46077/150‑1 (MQ=255) 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gTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACt < 1:656159/150‑1 (MQ=255) gTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACt > 2:657747/1‑150 (MQ=255) | TAATCTACGCCCTGAGCCGTTATTTACTCTGCCAACAACCGCAGGGCCACAAAAGTTGCGGTCACTGTCGTGGATGTCAGTTGATGCAGGCTGGCACGCATCCCGATTACTACACCCTGGCTCCCGAAAAAGGAAAAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACT > CP009273/1151336‑1151634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |