| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,164,454 | G→A | 36.1% | intergenic (‑166/‑75) | ycfQ ← / → bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,164,454 | 0 | G | A | 36.1% | 257.0 / 252.0 | 225 | intergenic (‑166/‑75) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/66); new base A (40/41); total (117/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |