Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 97,893 | T→A | 39.6% | F214L (TTT→TTA) | murC → | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 97,893 | 0 | T | A | 39.6% | 248.9 / inf | 282 | F214L (TTT→TTA) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/84); new base A (64/47); total (151/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TTGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATCA > CP009273/97744‑98042 | ttGGGGCATGGTCGGTACCTTATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGAATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt < 2:1964759/150‑1 (MQ=255) ggggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTtaat < 2:2252894/150‑1 (MQ=255) cATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAt < 2:1577276/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt > 2:822797/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAAttt < 2:3860207/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAAttt < 2:3520433/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAAtttt > 1:881382/1‑150 (MQ=255) gTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTc > 1:3826682/1‑150 (MQ=255) tCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCt < 1:2262644/150‑1 (MQ=255) tCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCt < 1:3554824/150‑1 (MQ=255) tCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCt > 1:1100487/1‑150 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTg < 1:2515261/150‑1 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTg < 1:1750829/150‑1 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTg < 1:1803612/150‑1 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTg > 1:1934705/1‑150 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTg > 1:572258/1‑150 (MQ=255) gTACCTGTTTGCCGAAGCAGATGAGTGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGCTGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGAAGTCCTCATGGATTCCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTATAACAGACTTTTATTAATTTTCTGca < 1:1129966/150‑1 (MQ=255) tACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGcac < 2:720073/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |