| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,206,494 | T→A | 5.4% | I231I (ATT→ATA) | mcrA → | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein; e14 prophage gene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,206,494 | 0 | T | A | 5.4% | 249.5 / 4.6 | 74 | I231I (ATT→ATA) | mcrA | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein; e14 prophage gene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/35); new base A (2/2); total (37/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GTAGAAAGACTACAAAAAGTTTATGTCCGAGACCCGATGGTAAAAGCTTGGATTTTACAGCAAAGTAAAGGTATATGTGAAAACTGTGGTAAAAATGCTCCGTTTTATTTAAATGATGGAAACCCATATTTGGAAGTACATCATGTAATTCCCCTGTCTTCAGGTGGTGCTGATACAACAGATAACTGTGTTGCCCTTTGTCCGAATTGCCATAGAGAATTGCACTATAGTAAAAATGCAAAAGAACTAATCGAGATGCTTTACGTTAATATAAACCGATTACAGAAATAAAATTA > CP009273/1206345‑1206640 | gTAGAAAGACTACAAAAAGTTTATGTCCGAGACCCGATGGTAAAAGCTTGGATTTTACAGCAAAGTAAAGGTATATGTGAAAACTGTGGTAAAAATGCTCCGTTTTATTTAAATGATGGAAACCCATATTTGGAAGTACATCATGTAAtt < 2:3860099/150‑1 (MQ=255)gTAGAAAGACTACAAAAAGTTTATGTCCGAGACCCGATGGTAAAAGCTTGGATTTTACAGCAAAGTAAAGGTATATGTGAAAACTGTGGTAAAAATGCTCCGTTTTATTTAAATGATGGAAACCCATATTTGGAAGTACATCATGTAAtt < 2:3860117/150‑1 (MQ=255)gTAGAAAGACTACAAAAAGTTTATGTCCGAGACCCGATGGTAAAAGCTTGGATTTTACAGCAAAGTAAAGGTATATGTGAAAACTGTGGTAAAAATGCTCCGTTTTATTTAAATGATGGAAACCCATATTTGGAAGTACATCATGTAAtt < 2:356313/150‑1 (MQ=255) 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GTAGAAAGACTACAAAAAGTTTATGTCCGAGACCCGATGGTAAAAGCTTGGATTTTACAGCAAAGTAAAGGTATATGTGAAAACTGTGGTAAAAATGCTCCGTTTTATTTAAATGATGGAAACCCATATTTGGAAGTACATCATGTAATTCCCCTGTCTTCAGGTGGTGCTGATACAACAGATAACTGTGTTGCCCTTTGTCCGAATTGCCATAGAGAATTGCACTATAGTAAAAATGCAAAAGAACTAATCGAGATGCTTTACGTTAATATAAACCGATTACAGAAATAAAATTA > CP009273/1206345‑1206640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |