| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,443,196 | A→T | 47.0% | Q474L (CAG→CTG) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,443,196 | 0 | A | T | 47.0% | 58.4 / inf | 234 | Q474L (CAG→CTG) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/58); new base T (57/53); total (123/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
AAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAACGGCACCTGGTGCCGTTTTTTTGTCTGAAACAATCACTTATCTTTC > CP009273/1443047‑1443345 | aaaCGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCa > 2:2415787/1‑150 (MQ=255) gACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCa < 1:727030/150‑1 (MQ=255) acGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGa > 2:2334672/1‑150 (MQ=255) 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aGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAACGGCACCTGGTGCCGTTTTTTTGTCTGAAACAATCACTTAtctttc > 2:3129303/1‑150 (MQ=255) aGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAACGGCACCTGGTGCCGTTTTTTTGTCTGAAACAATCACTTAtctttc > 2:694379/1‑150 (MQ=255) | AAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGGACGCAAAATCTCTCCCAGGCTCTGGAATATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAACGGCACCTGGTGCCGTTTTTTTGTCTGAAACAATCACTTATCTTTC > CP009273/1443047‑1443345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |