Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,602,131 | G→T | 44.0% | D177Y (GAT→TAT) | tam → | trans‑aconitate methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,602,131 | 0 | G | T | 44.0% | 208.8 / 297.4 | 232 | D177Y (GAT→TAT) | tam | trans‑aconitate methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/74); new base T (54/48); total (110/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CAGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTGGA > CP009273/1601982‑1602279 | cAGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCg > 2:461088/1‑150 (MQ=255) cAGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCg < 1:1344846/150‑1 (MQ=255) gTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGat < 1:2268820/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTatat < 2:1330973/150‑1 (MQ=255) aGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCt > 1:965478/1‑150 (MQ=255) gATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTg < 1:2400796/150‑1 (MQ=255) gCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCg > 2:2219192/1‑150 (MQ=255) gATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAacc < 1:17280/150‑1 (MQ=255) gATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAacc < 1:17828/150‑1 (MQ=255) ctggctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACcta < 2:3935595/150‑1 (MQ=255) tggctggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACctac > 1:1486472/1‑150 (MQ=255) tggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATc > 1:3914725/1‑150 (MQ=255) tggAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATc > 1:1848186/1‑150 (MQ=255) cGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGa > 1:3340343/1‑150 (MQ=255) gACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGACCAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGAt > 2:1179409/1‑150 (MQ=255) gACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGAt > 2:2254426/1‑150 (MQ=255) gACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGAt > 2:2798159/1‑150 (MQ=255) gACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGAt > 2:3652361/1‑150 (MQ=255) 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gcgAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGa < 2:1404860/150‑1 (MQ=255) gAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGAtt > 1:438203/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTa > 2:4138649/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTa > 1:2575443/1‑150 (MQ=255) aGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTAt > 2:965383/1‑150 (MQ=255) 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ctacGATATATTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAAcagca < 1:3177420/150‑1 (MQ=255) tacGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAAcagcag > 1:1047453/1‑150 (MQ=255) acGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACagcagc < 2:3270021/150‑1 (MQ=255) acGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACagcagc < 1:1586033/150‑1 (MQ=255) atatTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCttt < 2:3149663/150‑1 (MQ=255) tttGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCt < 2:1976129/150‑1 (MQ=255) tttGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTAGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACAACAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCAACTGGATTACGTACGTGGTTAGAGGTTCTGACCGAGAGCTAACAGCATCtttttat < 2:917576/150‑3 (MQ=255) ttGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCtt < 2:747444/150‑1 (MQ=255) aGCGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAg < 1:1118990/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgcg < 1:3630123/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgcg < 2:2699827/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgcg > 1:672691/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAgcg < 2:779163/150‑1 (MQ=255) aaGCCGGATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCt < 2:1577165/150‑1 (MQ=255) aaGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCt > 1:1405443/1‑150 (MQ=255) aGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTa < 1:3700917/150‑1 (MQ=255) ggATGTGAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCAt > 1:2769456/1‑150 (MQ=255) ggATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCAt > 1:2858246/1‑150 (MQ=255) ggATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCAt < 2:522257/150‑1 (MQ=255) gAGGTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATg > 1:1902167/1‑150 (MQ=255) gTCTATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTg < 1:2851338/150‑1 (MQ=255) gTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTg > 1:849792/1‑150 (MQ=255) | CAGTACAGATGCCAGATAACTGGCTGGAGCCGACCCATGTGCTCATGCGCGAAGTTGCCTGGGAACAAAACTACCCGGATCGCGGGCGTGAGCCGTTGGCTGGCGTTCATGCTTACTACGATATTTTGAGCGAAGCCGGATGTGAGGTCGATATCTGGCGAACCACCTACTATCACCAGATGCCGTCACACCAGGCGATTATCGATTGGGTGACTGCCACTGGATTACGTCCGTGGTTACAGGATCTGACCGAGAGCGAACAGCAGCTTTTTCTTAAGCGCTACCATCAGATGCTGGA > CP009273/1601982‑1602279 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |