Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,718,636 | G→T | 46.7% | L93I (CTT→ATT) | sodC ← | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,718,636 | 0 | G | T | 46.7% | 165.2 / inf | 250 | L93I (CTT→ATT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/75); new base T (66/51); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAA > CP009273/1718487‑1718785 | tttGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAg > 2:3992880/1‑150 (MQ=255) ttGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGa < 1:3202737/150‑1 (MQ=255) tGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGAt < 2:792898/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |