| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,732,758 | G→T | 45.4% | D220Y (GAC→TAC) | purR → | transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,732,758 | 0 | G | T | 45.4% | 209.9 / inf | 250 | D220Y (GAC→TAC) | purR | transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/72); new base T (68/46); total (132/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTT > CP009273/1732609‑1732907 | gCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGa < 1:1587012/150‑1 (MQ=255) cGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTAc > 2:2998239/1‑150 (MQ=255) cTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGaa > 2:1501337/1‑150 (MQ=255) tGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAAc > 1:3551159/1‑150 (MQ=255) tGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAAc > 1:460647/1‑150 (MQ=255) ttGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTg > 2:719229/1‑150 (MQ=255) tGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGa < 2:3928828/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATc < 2:2822013/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATc < 1:3202039/150‑1 (MQ=255) gcgGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGTAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCg < 1:2433865/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGt < 2:2657964/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGt < 1:4142506/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATcg < 1:2688542/150‑1 (MQ=255) cgcgAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATcgc > 1:2752551/1‑150 (MQ=255) aaaTCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCa < 1:3746666/150‑1 (MQ=255) aaTCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCAt < 1:2281562/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATg > 2:1703228/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATg > 1:2092637/1‑150 (MQ=255) ggCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATgcag < 1:3642260/150‑1 (MQ=255) tCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCaaa < 1:514763/150‑1 (MQ=255) tCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCaaa < 1:514899/150‑1 (MQ=255) aTCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCCGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATc > 1:1529585/1‑150 (MQ=255) aTCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATc > 1:3195272/1‑150 (MQ=255) tCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATcc > 1:373977/1‑150 (MQ=255) tCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATcc < 1:2751042/150‑1 (MQ=255) ccccGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCt > 2:487032/1‑150 (MQ=255) cGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTc < 2:2789217/150‑1 (MQ=255) cGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTc < 2:3023765/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTAGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGc > 2:460516/1‑150 (MQ=255) gCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGTTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCACGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGcc < 1:2217674/150‑1 (MQ=255) gCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGcc > 1:3328162/1‑150 (MQ=255) cTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCg > 1:3938248/1‑150 (MQ=255) tGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCGTGCCGGTGTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGAGTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGc > 2:1650296/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGcc < 2:1416356/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCg < 1:3069178/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGtct > 1:1924951/1‑150 (MQ=255) gccgccTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGtcttct < 2:3591852/150‑1 (MQ=255) ccgccATGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCtg > 2:196691/1‑150 (MQ=255) 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tGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGtggtgg < 2:3537093/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGtggtgg < 2:2107740/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGACCCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGc < 1:1127828/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGc < 1:4041728/150‑1 (MQ=255) ttttATGAAGGCGCTGGAAGAAGCGATGATCACGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGACTCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat < 2:2225503/150‑1 (MQ=255) 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ggAAAGCTGGATTGTGCAGGGTTACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGACTTCTGTGGTGTCGATATCATGGCAATGGGCGCACTATGTTCTGCTGATGAAATtgg > 1:621675/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATggg > 1:1175048/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATggg > 2:1422264/1‑150 (MQ=255) ggAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTGTGTGCTGCTGATGAACTggg > 2:3153383/1‑150 (MQ=255) gAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGc < 1:4107066/150‑1 (MQ=255) 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gACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGtt > 1:1885567/1‑150 (MQ=255) gACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGtt < 1:3118307/150‑1 (MQ=255) | GGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTT > CP009273/1732609‑1732907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |