| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,747,774 | A→T | 6.4% | F105Y (TTC→TAC) | ydhV ← | putative oxidoreductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,747,774 | 0 | A | T | 6.4% | 738.6 / 30.9 | 219 | F105Y (TTC→TAC) | ydhV | putative oxidoreductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/89); new base T (7/7); total (123/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TGGTCAATCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTC > CP009273/1747625‑1747923 | tGGTCAATCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGa > 1:1050575/1‑150 (MQ=255) ggTCAATCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGaa > 2:1846355/1‑150 (MQ=255) gTCAATCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGTAt > 2:1184964/1‑150 (MQ=255) 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tCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCAt > 2:4044904/1‑150 (MQ=255) cGACATATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGTTAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCAtt < 1:4092615/150‑1 (MQ=255) cGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCAtt < 1:1569481/150‑1 (MQ=255) gACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCAttt > 1:2460449/1‑150 (MQ=255) gACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCAttt < 1:4067048/150‑1 (MQ=255) 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aataatGACGTCGTATCCAGCGTATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGcc < 2:901031/150‑1 (MQ=255) aataatGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCCCCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGcc < 1:2288768/150‑1 (MQ=255) taatGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCgg > 1:3374989/1‑150 (MQ=255) aatGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGt < 1:813251/150‑1 (MQ=255) tcgtATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAg < 2:1672927/150‑1 (MQ=255) 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aTCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTa < 2:3644634/150‑1 (MQ=255) cAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCCCCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAAtt > 1:2330952/1‑150 (MQ=255) | TGGTCAATCGACAAATTTCTTCCGTCGTTGCGCGCGTCCCTTTTCCCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTC > CP009273/1747625‑1747923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |