| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,751,673 | 0 | T | G | 39.2% | 101.5 / inf | 240 | intergenic (+306/‑5) | pykF/lpp | pyruvate kinase I/murein lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/57); new base G (54/40); total (143/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTGA > CP009273/1751524‑1751822 | aTCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTCTGAATAATGaa > 1:1636810/1‑150 (MQ=255) aTCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGaa > 2:2110131/1‑150 (MQ=255) tAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGc > 2:1095927/1‑150 (MQ=255) 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aaCTCAATCTAGATGCTATGAATAATCAAAGCTACAAAACTGGAACTGGGCGCGGAAATCCAGCTATCTACTATGAAGGCAGGTTGATCAAGCAACTCAAAAATCGATCAGCAGACTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGAc > 2:1789370/1‑150 (MQ=255) cTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCa < 1:2969985/150‑1 (MQ=255) cTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCa < 1:2405061/150‑1 (MQ=255) tCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAg > 1:4135614/1‑150 (MQ=255) tCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAg > 1:160385/1‑150 (MQ=255) aTCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTg > 1:3152389/1‑150 (MQ=255) tAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAATCTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGc < 2:3478678/150‑1 (MQ=255) agagGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCa > 2:2705831/1‑150 (MQ=255) gagGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCaa > 1:1785306/1‑150 (MQ=255) agGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAac > 1:1928314/1‑150 (MQ=255) agGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAac > 2:2036852/1‑150 (MQ=255) gggTATTAATAATGAAAGCGACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTTAAATCGATCAGGTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAATGTTGACCAGCTGAGCAacg < 2:3142892/150‑1 (MQ=255) | AATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTGA > CP009273/1751524‑1751822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |